Komplementarlıq (molekulyar biologiya) — Molekulyar biologiyada, komplementarlıq hər biri "kilid və açar" prinsipinə tabe olan iki struktur arasındakı əlaqəni təsvir edir. Təbiətdə, komplementarlıq DNT-nin təkrarlanması və transkripsiyasının əsas prinsipidir, çünki iki DNT və ya RNT ardıcıllığı arasında bölüşdürülən bir xüsusiyyətdir, beləliklə bir-birlərinə paralel olaraq nizamlandıqları zaman ardıcıllıqlardakı hər mövqedəki nükleotid əsasları komplementar olacaqdır. Güzgüyə baxıb, əksini görmək kimi. Bu tamamlayıcı əsas cüt hüceyrələrə məlumatları bir nəsildən digərinə köçürməyə və hətta ardıcıllıqla saxlanılan məlumatların zədələnmələrini tapmaq və düzəltməyə imkan verir.
Komplementarlıq azotlu əsaslar arasındakı aydın qarşılıqlı təsirlər nəticəsində əldə edilir: adenin, timin (RNT-də urasil), guanin və sitosin. Adenin və guanin purinlər, timin, sitosin və urasil isə pirimidindir. Purinlər pirimidinlərdən daha böyükdür. Hər iki növ molekul bir-birini tamamlayır və yalnız əks növ azot bazaları ilə baza cütləri yarada bilər.
Nuklein turşuda nuklein əsaslar yalnız adenin ilə timin arasında və quanin ilə sitosin arasında təsirli olan hidrogen bağları ilə bir-birinə bağlanır. A = T baza tamamlayıcıda iki hidrogen, Q≡C baza cütdə isə üç hidrogen rabitə var. Azotlu əsaslar arasındakı bütün digər konfiqurasiyalar ikiqat zəncir əmələ gəlməsinin qarşısını alacaqdır. DNT zəncirləri əks istiqamətlərə yönəldilmişdir, antiparallel sayılırlar.
Nuklein turşuları | Nukleotid | Kompilementarlıq |
DNT | adenin(A), timin(T), quanin(Q), sitozin(S) | A=T, Q≡S |
RNT | adenin(A), urasil(U), quanin(Q), sitozin(S) | A=U, Q≡S |
DNT və ya RNT-nin tamamlayıcı zolağı azotlu əsasların komplementarlığına əsaslanaraq dizayn edilə bilər. Hər bir cüt, Q≡S ilə müqayisədə A = T, təxminən eyni məkanı tutur və bu da heç bir məkan təhrif etmədən bükülmüş DNT cüt zəncirinin əmələ gəlməsinə imkan verir. Azotlu əsaslar arasındakı hidrogen əlaqəsi də DNA cüt zəncirini sabitləşdirir. Oxuma nəzarəti kimi DNT təmir mexanizmləri bir-birini tamamlamağa əsaslanır və uyğun olmayan nükleobazları çıxarıb DNT replikasiyası zamanı səhvləri düzəldə bilər. Ümumiyyətlə, bir DNT zəncirindəki zədələnmə, uyğunsuzluq təmirində, nükleotid eksizyonal təmirdə və baza eksizyonel təmirdə olduğu kimi, zədələnmiş bölgəni çıxarıb digər teldən məlumat kopyalamaq üçün tamamlayıcılıq istifadə edərək dəyişdirilə bilər.
Tənzimləmə funksiyaları
Tamamlayıcılıq nüklein turşunun qısa uzanması ilə kodlaşdırma bölgəsi və ya genin transkripsiyası nəticəsində baza cütləşməsinə səbəb ola bilər. Bu qısa nüklein turşu ardıcıllığı təbiətdə çox rast gəlinir və genləri susdurmaq kimi tənzimləyici funksiyaları yerinə yetirir.
Bioinformatika
Komplementarlıq, DNT və ya RNT-də olan məlumatların tək bir zolaqda saxlanmasına imkan verir. Komplementarlıq iplik cDNT kitabxanalarında olduğu kimi şablondan və əksinə müəyyən edilə bilər. Eyni zamanda iki fərqli növün ardıcıllığını müqayisə etmək kimi analizlərə imkan verir. Qısaltmalar uyğunsuzluqlar (qeyri-müəyyənlik kodları) mövcudluğunda ardıcıllıqlar yazmaq və ya tamamlayıcıda (ambiqramda) əks ardıcıllığın oxunmasını sürətləndirmək üçün hazırlanmışdır.
c-DNT kitabxanası
Bir c-DNT kitabxanası, gen müəyyənləşdirmə və klonlama proseslərində faydalı bir istinad vasitəsi sayılan ifadə edilmiş DNT genlərinin toplusudur. C-DNT kitabxanaları, mRNT şablonunu DNT-yə köçürən əks transkriptaz (RT) RNT-yə bağlı DNT polimerazından istifadə edərək m-RNT-dan qurulur. Bu səbəbdən bir c- DNT kitabxanasında yalnız m-RNT-ya köçürülməsi nəzərdə tutulan əlavələr ola bilər. Bu proses DNT / RNT tamamlayıcılıq prinsipinə əsaslanır. Kitabxanaların son məhsulu, plazmidlərə yerləşdirilə bilən cüt telli DNT-dir. Beləliklə, cDNT kitabxanaları müasir tədqiqatlarda güclü bir vasitədir.
Qeyri-müəyyənlik kodları
Üç nükleotiddən birini xüsusi olaraq istisna edən bir IUPAC kodu tamamlayıcı nükleotidi istisna edən bir IUPAC kodunu tamamlayıcı ola bilər. Məsələn, V (A, S və ya Q — "T" deyil) B ilə tamamlayıcı ola bilər (A, Q və ya T — "A deyil").
Ambiqram
Xüsusi simvollar tamamlayıcı əsaslar üçün uyğun (ambiqrafik) nüklein turşu notası yaratmaq üçün istifadə edilə bilər (məsələn, guanin = b, sitosin = q, adenin = n və timin = u), bütün DNT ardıcıllığını tamamlamağı asanlaşdırır. Məsələn, əvvəlki əlifba ilə buqn (QTSA) tərs çevrildikdə ubnq (TQAS, geri tamamlayıcı) oxuyur. Ambiqrafik təyinatlar palindromik ardıcıllıqlar kimi nuklein turşularının tamamlayıcı bölgələrini asanlıqla vizuallaşdırır. Bu xüsusiyyət, adi ASCII və ya hətta Unicode simvollarından daha çox xüsusi şriftlər və ya simvollar istifadə edilərkən artır.
İstinadlar
- Watson, James, Cold Spring Harbor Laboratory, Tania A. Baker, Massachusetts Institute of Technology, Stephen P. Bell, Massachusetts Institute of Technology, Alexander Gann, Cold Spring Harbor Laboratory, Michael Levine, University of California, Berkeley, Richard Losik, Harvard University ; with Stephen C. Harrison, Harvard Medical. Molecular biology of the gene (Seventh). Boston: Benjamin-Cummings Publishing Company. 2014. ISBN .
- Pray, Leslie. "Discovery of DNA structure and function: Watson and Crick". Nature Education. 1 (1). 2008: 100. 17 August 2022 tarixində . İstifadə tarixi: 27 November 2013.
- Shankar, A; Jagota, A; Mittal, J. "DNA base dimers are stabilized by hydrogen-bonding interactions including non-Watson-Crick pairing near graphite surfaces". The Journal of Physical Chemistry B. 116 (40). Oct 11, 2012: 12088–94. doi:10.1021/jp304260t. PMID 22967176.
- Hood, L; Galas, D. "The digital code of DNA". Nature. 421 (6921). Jan 23, 2003: 444–8. Bibcode:2003Natur.421..444H. doi:10.1038/nature01410. PMID 12540920.
- Rawson JMO, Nikolaitchik OA, Keele BF, Pathak VK, Hu WS. Recombination is required for efficient HIV-1 replication and the maintenance of viral genome integrity. Nucleic Acids Res. 2018;46(20):10535–10545. DOI:10.1093/nar/gky910 PMID:30307534
- He, Y; Vogelstein, B; Velculescu, VE; Papadopoulos, N; Kinzler, KW. "The antisense transcriptomes of human cells". Science. 322 (5909). Dec 19, 2008: 1855–7. Bibcode:2008Sci...322.1855H. doi:10.1126/science.1163853. PMC 2824178. PMID 19056939.
- Katayama, S; Tomaru, Y; Kasukawa, T; Waki, K; Nakanishi, M; Nakamura, M; Nishida, H; Yap, CC; Suzuki, M; Kawai, J; Suzuki, H; Carninci, P; Hayashizaki, Y; Wells, C; Frith, M; Ravasi, T; Pang, KC; Hallinan, J; Mattick, J; Hume, DA; Lipovich, L; Batalov, S; Engström, PG; Mizuno, Y; Faghihi, MA; Sandelin, A; Chalk, AM; Mottagui-Tabar, S; Liang, Z; Lenhard, B; Wahlestedt, C; RIKEN Genome Exploration Research Group; Genome Science Group (Genome Network Project Core Group); FANTOM Consortium. "Antisense transcription in the mammalian transcriptome". Science. 309 (5740). Sep 2, 2005: 1564–6. Bibcode:2005Sci...309.1564R. doi:10.1126/science.1112009. PMID 16141073.
- Faghihi, MA; Zhang, M; Huang, J; Modarresi, F; Van der Brug, MP; Nalls, MA; Cookson, MR; St-Laurent G, 3rd; Wahlestedt, C. "Evidence for natural antisense transcript-mediated inhibition of microRNA function". Genome Biology. 11 (5). 2010: R56. doi:10.1186/gb-2010-11-5-r56. PMC 2898074. PMID 20507594.
- Kosaka, N; Yoshioka, Y; Hagiwara, K; Tominaga, N; Katsuda, T; Ochiya, T. "Trash or Treasure: extracellular microRNAs and cell-to-cell communication". Frontiers in Genetics. 4. Sep 5, 2013: 173. doi:10.3389/fgene.2013.00173. PMC 3763217. PMID 24046777.
- Reverse-complement tool 2022-04-16 at the Wayback Machine page with documented IUPAC code conversion, source code available.
- Rozak DA. "The practical and pedagogical advantages of an ambigraphic nucleic acid notation". Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 25 (7). 2006: 807–13. doi:10.1080/15257770600726109. PMID 16898419.
- Rozak, DA; Rozak, AJ. "Simplicity, function, and legibility in an enhanced ambigraphic nucleic acid notation". BioTechniques. 44 (6). May 2008: 811–3. doi:10.2144/000112727. PMID 18476835.
wikipedia, oxu, kitab, kitabxana, axtar, tap, meqaleler, kitablar, oyrenmek, wiki, bilgi, tarix, tarixi, endir, indir, yukle, izlə, izle, mobil, telefon ucun, azeri, azəri, azerbaycanca, azərbaycanca, sayt, yüklə, pulsuz, pulsuz yüklə, haqqında, haqqinda, məlumat, melumat, mp3, video, mp4, 3gp, jpg, jpeg, gif, png, şəkil, muisiqi, mahnı, kino, film, kitab, oyun, oyunlar, android, ios, apple, samsung, iphone, pc, xiomi, xiaomi, redmi, honor, oppo, nokia, sonya, mi, web, computer, komputer
Komplementarliq molekulyar biologiya Molekulyar biologiyada komplementarliq her biri kilid ve acar prinsipine tabe olan iki struktur arasindaki elaqeni tesvir edir Tebietde komplementarliq DNT nin tekrarlanmasi ve transkripsiyasinin esas prinsipidir cunki iki DNT ve ya RNT ardicilligi arasinda bolusdurulen bir xususiyyetdir belelikle bir birlerine paralel olaraq nizamlandiqlari zaman ardicilliqlardaki her movqedeki nukleotid esaslari komplementar olacaqdir Guzguye baxib eksini gormek kimi Bu tamamlayici esas cut huceyrelere melumatlari bir nesilden digerine kocurmeye ve hetta ardicilliqla saxlanilan melumatlarin zedelenmelerini tapmaq ve duzeltmeye imkan verir Iki DNT esasini guanin ve sitosin bir birine baglayan hidrogen baglari kesik xettler Iki DNT esasini adenin ve timin bir birine bagladigi hidrogen baglari kesik xettler DNT ve RNT baza cutu bir birini tamamlayirKomplementarliq azotlu esaslar arasindaki aydin qarsiliqli tesirler neticesinde elde edilir adenin timin RNT de urasil guanin ve sitosin Adenin ve guanin purinler timin sitosin ve urasil ise pirimidindir Purinler pirimidinlerden daha boyukdur Her iki nov molekul bir birini tamamlayir ve yalniz eks nov azot bazalari ile baza cutleri yarada biler Nuklein tursuda nuklein esaslar yalniz adenin ile timin arasinda ve quanin ile sitosin arasinda tesirli olan hidrogen baglari ile bir birine baglanir A T baza tamamlayicida iki hidrogen Q C baza cutde ise uc hidrogen rabite var Azotlu esaslar arasindaki butun diger konfiqurasiyalar ikiqat zencir emele gelmesinin qarsisini alacaqdir DNT zencirleri eks istiqametlere yoneldilmisdir antiparallel sayilirlar Nuklein tursulari Nukleotid KompilementarliqDNT adenin A timin T quanin Q sitozin S A T Q SRNT adenin A urasil U quanin Q sitozin S A U Q S DNT ve ya RNT nin tamamlayici zolagi azotlu esaslarin komplementarligina esaslanaraq dizayn edile biler Her bir cut Q S ile muqayisede A T texminen eyni mekani tutur ve bu da hec bir mekan tehrif etmeden bukulmus DNT cut zencirinin emele gelmesine imkan verir Azotlu esaslar arasindaki hidrogen elaqesi de DNA cut zencirini sabitlesdirir Oxuma nezareti kimi DNT temir mexanizmleri bir birini tamamlamaga esaslanir ve uygun olmayan nukleobazlari cixarib DNT replikasiyasi zamani sehvleri duzelde biler Umumiyyetle bir DNT zencirindeki zedelenme uygunsuzluq temirinde nukleotid eksizyonal temirde ve baza eksizyonel temirde oldugu kimi zedelenmis bolgeni cixarib diger telden melumat kopyalamaq ucun tamamlayiciliq istifade ederek deyisdirile biler Tenzimleme funksiyalariTamamlayiciliq nuklein tursunun qisa uzanmasi ile kodlasdirma bolgesi ve ya genin transkripsiyasi neticesinde baza cutlesmesine sebeb ola biler Bu qisa nuklein tursu ardicilligi tebietde cox rast gelinir ve genleri susdurmaq kimi tenzimleyici funksiyalari yerine yetirir BioinformatikaKomplementarliq DNT ve ya RNT de olan melumatlarin tek bir zolaqda saxlanmasina imkan verir Komplementarliq iplik cDNT kitabxanalarinda oldugu kimi sablondan ve eksine mueyyen edile biler Eyni zamanda iki ferqli novun ardicilligini muqayise etmek kimi analizlere imkan verir Qisaltmalar uygunsuzluqlar qeyri mueyyenlik kodlari movcudlugunda ardicilliqlar yazmaq ve ya tamamlayicida ambiqramda eks ardicilligin oxunmasini suretlendirmek ucun hazirlanmisdir c DNT kitabxanasi Bir c DNT kitabxanasi gen mueyyenlesdirme ve klonlama proseslerinde faydali bir istinad vasitesi sayilan ifade edilmis DNT genlerinin toplusudur C DNT kitabxanalari mRNT sablonunu DNT ye kocuren eks transkriptaz RT RNT ye bagli DNT polimerazindan istifade ederek m RNT dan qurulur Bu sebebden bir c DNT kitabxanasinda yalniz m RNT ya kocurulmesi nezerde tutulan elaveler ola biler Bu proses DNT RNT tamamlayiciliq prinsipine esaslanir Kitabxanalarin son mehsulu plazmidlere yerlesdirile bilen cut telli DNT dir Belelikle cDNT kitabxanalari muasir tedqiqatlarda guclu bir vasitedir Qeyri mueyyenlik kodlari Uc nukleotidden birini xususi olaraq istisna eden bir IUPAC kodu tamamlayici nukleotidi istisna eden bir IUPAC kodunu tamamlayici ola biler Meselen V A S ve ya Q T deyil B ile tamamlayici ola biler A Q ve ya T A deyil AmbiqramXususi simvollar tamamlayici esaslar ucun uygun ambiqrafik nuklein tursu notasi yaratmaq ucun istifade edile biler meselen guanin b sitosin q adenin n ve timin u butun DNT ardicilligini tamamlamagi asanlasdirir Meselen evvelki elifba ile buqn QTSA ters cevrildikde ubnq TQAS geri tamamlayici oxuyur Ambiqrafik teyinatlar palindromik ardicilliqlar kimi nuklein tursularinin tamamlayici bolgelerini asanliqla vizuallasdirir Bu xususiyyet adi ASCII ve ya hetta Unicode simvollarindan daha cox xususi sriftler ve ya simvollar istifade edilerken artir IstinadlarWatson James Cold Spring Harbor Laboratory Tania A Baker Massachusetts Institute of Technology Stephen P Bell Massachusetts Institute of Technology Alexander Gann Cold Spring Harbor Laboratory Michael Levine University of California Berkeley Richard Losik Harvard University with Stephen C Harrison Harvard Medical Molecular biology of the gene Seventh Boston Benjamin Cummings Publishing Company 2014 ISBN 978 0 32176243 6 Pray Leslie Discovery of DNA structure and function Watson and Crick Nature Education 1 1 2008 100 17 August 2022 tarixinde Istifade tarixi 27 November 2013 Shankar A Jagota A Mittal J DNA base dimers are stabilized by hydrogen bonding interactions including non Watson Crick pairing near graphite surfaces The Journal of Physical Chemistry B 116 40 Oct 11 2012 12088 94 doi 10 1021 jp304260t PMID 22967176 Hood L Galas D The digital code of DNA Nature 421 6921 Jan 23 2003 444 8 Bibcode 2003Natur 421 444H doi 10 1038 nature01410 PMID 12540920 Rawson JMO Nikolaitchik OA Keele BF Pathak VK Hu WS Recombination is required for efficient HIV 1 replication and the maintenance of viral genome integrity Nucleic Acids Res 2018 46 20 10535 10545 DOI 10 1093 nar gky910 PMID 30307534 He Y Vogelstein B Velculescu VE Papadopoulos N Kinzler KW The antisense transcriptomes of human cells Science 322 5909 Dec 19 2008 1855 7 Bibcode 2008Sci 322 1855H doi 10 1126 science 1163853 PMC 2824178 PMID 19056939 Katayama S Tomaru Y Kasukawa T Waki K Nakanishi M Nakamura M Nishida H Yap CC Suzuki M Kawai J Suzuki H Carninci P Hayashizaki Y Wells C Frith M Ravasi T Pang KC Hallinan J Mattick J Hume DA Lipovich L Batalov S Engstrom PG Mizuno Y Faghihi MA Sandelin A Chalk AM Mottagui Tabar S Liang Z Lenhard B Wahlestedt C RIKEN Genome Exploration Research Group Genome Science Group Genome Network Project Core Group FANTOM Consortium Antisense transcription in the mammalian transcriptome Science 309 5740 Sep 2 2005 1564 6 Bibcode 2005Sci 309 1564R doi 10 1126 science 1112009 PMID 16141073 Faghihi MA Zhang M Huang J Modarresi F Van der Brug MP Nalls MA Cookson MR St Laurent G 3rd Wahlestedt C Evidence for natural antisense transcript mediated inhibition of microRNA function Genome Biology 11 5 2010 R56 doi 10 1186 gb 2010 11 5 r56 PMC 2898074 PMID 20507594 Kosaka N Yoshioka Y Hagiwara K Tominaga N Katsuda T Ochiya T Trash or Treasure extracellular microRNAs and cell to cell communication Frontiers in Genetics 4 Sep 5 2013 173 doi 10 3389 fgene 2013 00173 PMC 3763217 PMID 24046777 Reverse complement tool 2022 04 16 at the Wayback Machine page with documented IUPAC code conversion source code available Rozak DA The practical and pedagogical advantages of an ambigraphic nucleic acid notation Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids 25 7 2006 807 13 doi 10 1080 15257770600726109 PMID 16898419 Rozak DA Rozak AJ Simplicity function and legibility in an enhanced ambigraphic nucleic acid notation BioTechniques 44 6 May 2008 811 3 doi 10 2144 000112727 PMID 18476835